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如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释
如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
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看到朋友圈有人转发的推文 Nature|重大发现！人类的近亲肺鱼基因组被解析，点进去看到里面有一张进化树的图
正好自己最近在学习R语言的ggtree，之前也在ggtree的帮助文档看到过类似的图片，所以决定重复一下
用拉丁名来命名，属和种之间用下划线分隔
(((((((Anolis_carolinensis:0.4,Gallus_gallus:0.32)94:0.4,Homo_sapiens:0.3)95:0.4,(Ambystoma_mexicanum:0.4,Xenopus_laevis:0.41)93:0.6)90:0.41,Neoceratodus_forsteri:0.3)80:0.3,Latimeria_chalumnae:0.6)99:0.3,(Danio_rerio:0.3,Lepisosteus_oculatus:0.4)95:0.5)100:0.4,Callorhinchus_milii:0.3);
最基本的进化树展示
library(stringr)
library(ggtree)
library(treeio)
tree1<-read.tree("Nature/Nature_tree_1.nwk")
ggtree(tree1)+
geom_tiplab()+
xlim(NA,4.5)
去掉拉丁名中的下划线 拉丁名改为斜体 加粗线
ggtree(tree1,size=2)+
geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
offset = 0.05,
font="italic")+
xlim(NA,4.5)
ggtree(tree1,size=2)+
geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
offset = 0.05,
font="italic")+
xlim(NA,4.5)+
geom_tiplab(aes(image=paste0("Nature/",label,".png")),
geom = "image",size=0.2,offset = 1.25)
出图以后再手动编辑一下图片的位置就可以了 最终的结果如下
关于如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注创新互联行业资讯频道了解更多相关知识。
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